オープンソースで無料のAvogadroで分子構造を作り初期構造にして、計算結果をJmolでグラフィックスにしよう！
Avogadroの使い方
いかにして分子を自在に作るか！
分子の一部分だけをMMで構造最適化する。
特定の置換基だけを回転させる、距離だけを変える。
特定の結合長、結合角、二面角を値を表示しながら動かして、思い通りの値にする。
MMで構造最適化しながら分子を組み立てゆく。
など
Avogadro 1.2.0が対象ですが、Avogadro2 1.101.0 でもほぼ同様です。
Avogadroメモ (PDF)
Jmolの使い方
スタンドアロン版JmolにはJava実行環境が必要です。
分子のグラフィックスを自在に作るには。
原子、結合などの色やサイズを個別に自由に設定する。
結合距離や角度などを分子模型の中に表示する。(文字サイズ、色、位置を調整可)
Avogadroよりは便利でないが、分子を作成できる。
Gaussian16等の計算結果を自在にグラフィックスにする。
MOやSpin密度を図示する。
CIF(Crystal Informatin File)から好みのサイズの結晶模型を作成する。
蛋白質などの巨大分子の特定部分だけの表示をわかりやすく変更して観察できるようにする。
スクリプトで動作を自動化する。LUMO-5からHOMO+5までの画像を自動的にJPEGファイルに出力する。など
分子の一部分を回転させるなどのGIFアニメーションファイルを作る。
など
Jmolメモ (PDF)
Gaussian16の計算結果から Excel(LibreOffice Calc)で GaussViewと同様な UVスペクトルのグラフを描く
UVplotをExcelで描く
準備中 同、IRスペクトルを描く
Hiroshi Tachibana
Prof. Emeritus, Tokyo Metropolitan University.